| 川崎フロンターレ | 3 - 2 | ソニー仙台FC |
| 水戸ホーリーホック | 2 - 0 | 愛媛FC |
| 湘南ベルマーレ | 1 - 0 | 北海道教育大学岩見沢校 |
| V・ファーレン長崎 | 1 - 1 | 松江シティFC |
| サガン鳥栖 | 7 - 0 | 多度津フットボールクラブ |
| 徳島ヴォルティス | 1 - 0 | 栃木SC |
| ヴィッセル神戸 | 3 - 0 | 福岡大学 |
| ジェフユナイテッド市原・千葉 | 2 - 2
(5PK4) | ラインメール青森 |
| 柏レイソル | 6 - 0 | VONDS市原FC |
| モンテディオ山形 | 2 - 2
(4PK2) | FC岐阜 |
| FC東京 | 4 - 2 | 流経大ドラゴンズ龍ケ崎 |
| アルビレックス新潟 | 0 - 0
(5PK3) | 高知ユナイテッドSC |
| 横浜Fマリノス | 4 - 3 | FC大阪 |
| 横浜FC | 2 - 0 | カマタマーレ讃岐 |
| ベガルタ仙台 | 4 - 0 | ザスパクサツ群馬 |
| 大宮アルディージャ | 1 - 0 | AC長野パルセイロ |
| 鹿島アントラーズ | 6 - 1 | Honda FC |
| ファジアーノ岡山 | 0 - 1 | FC町田ゼルビア |
| サンフレッチェ広島 | 2 - 0 | ガイナーレ鳥取 |
| 名古屋グランパス | 1 - 1
(4PK5) | 奈良クラブ |
| 浦和レッドダイヤモンズ | 3 - 0 | Y.S.C.C横浜 |
| 松本山雅FC | 1 - 1
(5PK4) | ロアッソ熊本 |
| ガンバ大阪 | 1 - 2 | 関西学院大学 |
| 東京ヴェルディ | 3 - 2 | カターレ富山 |
| セレッソ大阪 | 1 - 0 | テゲバジャーロ宮崎 |
| 京都サンガF.C. | 1 - 3 | ツエーゲン金沢 |
| 清水エスパルス | 1 - 0 | FC今治 |
| ヴァンフォーレ甲府 | 3 - 1 | 流通経済大学 |
| ジュビロ磐田 | 3 - 2 | 中京大学 |
| 大分トリニータ | 1 - 2 | レノファ山口FC |
| 北海道コンサドーレ札幌 | 2 - 1 | MIOびわこ滋賀 |
| アビスパ福岡 | 1 - 0 | 鹿児島ユナイテッドFC |
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