| 順位 | チーム | 試合数 | 勝 | 分 | 負 | 得点 | 失点 | 得失 点差 | 勝ち点 |
| 1 | ★水戸ホーリーホック |
38 |
20 | 10 | 8 |
55 | 34 | +21 |
70 |
| 2 | ★V・ファーレン長崎 |
38 |
19 | 13 | 6 |
63 | 44 | +19 |
70 |
| 3 | ★ジェフユナイテッド市原・千葉 |
38 |
20 | 9 | 9 |
56 | 34 | +22 |
69 |
| 4 | ☆徳島ヴォルティス |
38 |
18 | 11 | 9 |
45 | 24 | +21 |
65 |
| 5 | ☆ジュビロ磐田 |
38 |
19 | 7 | 12 |
59 | 51 | +8 |
64 |
| 6 | ☆RB大宮アルディージャ |
38 |
18 | 9 | 11 |
60 | 39 | +21 |
63 |
| 7 | ベガルタ仙台 |
38 |
16 | 14 | 8 |
47 | 36 | +11 |
62 |
| 8 | サガン鳥栖 |
38 |
16 | 10 | 12 |
46 | 43 | +3 |
58 |
| 9 | いわきFC |
38 |
15 | 11 | 12 |
55 | 44 | +11 |
56 |
| 10 | モンテディオ山形 |
38 |
15 | 8 | 15 |
58 | 54 | +4 |
53 |
| 11 | FC今治 |
38 |
13 | 14 | 11 |
46 | 46 | 0 |
53 |
| 12 | 北海道コンサドーレ札幌 |
38 |
16 | 5 | 17 |
50 | 63 | -13 |
53 |
| 13 | ヴァンフォーレ甲府 |
38 |
11 | 11 | 16 |
37 | 45 | -8 |
44 |
| 14 | ブラウブリッツ秋田 |
38 |
11 | 10 | 17 |
43 | 59 | -16 |
43 |
| 15 | 藤枝MYFC |
38 |
9 | 12 | 17 |
41 | 50 | -9 |
39 |
| 16 | 大分トリニータ |
38 |
8 | 14 | 16 |
27 | 44 | -17 |
38 |
| 17 | カターレ富山 |
38 |
9 | 10 | 19 |
34 | 49 | -15 |
37 |
| 18 | ロアッソ熊本 |
38 |
9 | 10 | 19 |
41 | 57 | -16 |
37 |
| 18 | レノファ山口FC |
38 |
7 | 15 | 16 |
36 | 47 | -11 |
36 |
| 20 | 愛媛FC |
38 |
3 | 13 | 22 |
35 | 71 | -36 |
22 |
|