| 順位 | チーム | 試合数 | 勝 | 分 | 負 | 得点 | 失点 | 得失 点差 | 勝ち点 |
| 2 → 1 | V・ファーレン長崎 |
37 |
19 | 12 | 6 |
62 | 43 | +19 |
69 |
| 1 → 2 | 水戸ホーリーホック |
37 |
19 | 10 | 8 |
53 | 34 | +19 |
67 |
| 4 → 3 | ジェフユナイテッド市原・千葉 |
37 |
19 | 9 | 9 |
51 | 34 | +17 |
66 |
| 5 → 4 | 徳島ヴォルティス |
37 |
18 | 10 | 9 |
44 | 23 | +21 |
64 |
| 3 → 5 | RB大宮アルディージャ |
37 |
18 | 9 | 10 |
58 | 36 | +22 |
63 |
| 6 | ベガルタ仙台 |
37 |
16 | 14 | 7 |
47 | 35 | +12 |
62 |
| 7 | ジュビロ磐田 |
37 |
18 | 7 | 12 |
57 | 50 | +7 |
61 |
| 8 | サガン鳥栖 |
37 |
16 | 10 | 11 |
45 | 41 | +4 |
58 |
| 9 | いわきFC |
37 |
16 | 11 | 12 |
54 | 44 | +10 |
53 |
| 10 | FC今治 |
37 |
13 | 14 | 10 |
42 | 41 | +6 |
53 |
| 11 | 北海道コンサドーレ札幌 |
37 |
15 | 5 | 17 |
47 | 63 | -16 |
51 |
| 12 | モンテディオ山形 |
37 |
14 | 8 | 15 |
55 | 52 | +3 |
50 |
| 13 | ヴァンフォーレ甲府 |
37 |
11 | 10 | 15 |
37 | 41 | -4 |
43 |
| 14 | ブラウブリッツ秋田 |
37 |
11 | 10 | 16 |
42 | 55 | -13 |
43 |
| 15 | 藤枝MYFC |
37 |
9 | 12 | 16 |
40 | 48 | -8 |
39 |
| 16 | 大分トリニータ |
37 |
8 | 14 | 15 |
27 | 42 | -15 |
38 |
| 17 | ロアッソ熊本 |
37 |
9 | 9 | 19 |
41 | 57 | -16 |
36 |
| 19 | カターレ富山 |
37 |
8 | 10 | 19 |
29 | 48 | -19 |
34 |
| 18 | レノファ山口FC |
37 |
6 | 16 | 16 |
34 | 45 | -12 |
33 |
| 20 | 愛媛FC |
37 |
3 | 12 | 22 |
33 | 67 | -34 |
21 |
|