| 順位 | チーム | 試合数 | 勝 | 分 | 負 | 得点 | 失点 | 得失 点差 | 勝ち点 |
| 1 | 水戸ホーリーホック |
36 |
19 | 10 | 7 |
52 | 32 | +20 |
67 |
| 2 | V・ファーレン長崎 |
36 |
18 | 12 | 6 |
60 | 42 | +18 |
66 |
| 4 → 3 | RB大宮アルディージャ |
36 |
18 | 9 | 9 |
57 | 34 | +23 |
63 |
| 3 → 4 | ジェフユナイテッド市原・千葉 |
36 |
18 | 9 | 9 |
50 | 34 | +16 |
63 |
| 5 | 徳島ヴォルティス |
36 |
17 | 10 | 9 |
42 | 22 | +20 |
61 |
| 6 | ベガルタ仙台 |
36 |
16 | 13 | 7 |
47 | 35 | +12 |
61 |
| 7 | ジュビロ磐田 |
36 |
18 | 6 | 12 |
55 | 48 | +7 |
60 |
| 8 | サガン鳥栖 |
36 |
16 | 9 | 11 |
45 | 41 | +4 |
57 |
| 9 | いわきFC |
36 |
16 | 10 | 12 |
54 | 44 | +10 |
52 |
| 10 | FC今治 |
36 |
13 | 13 | 10 |
41 | 40 | +6 |
52 |
| 11 | 北海道コンサドーレ札幌 |
36 |
15 | 4 | 17 |
46 | 62 | -16 |
50 |
| 12 | モンテディオ山形 |
36 |
14 | 7 | 15 |
53 | 50 | +3 |
49 |
| 13 | ヴァンフォーレ甲府 |
36 |
11 | 10 | 14 |
37 | 40 | -3 |
43 |
| 14 | ブラウブリッツ秋田 |
36 |
11 | 9 | 16 |
42 | 55 | -13 |
42 |
| 16 → 15 | 藤枝MYFC |
36 |
9 | 11 | 16 |
40 | 48 | -8 |
38 |
| 15 → 16 | 大分トリニータ |
36 |
8 | 14 | 14 |
27 | 41 | -14 |
38 |
| 17 | ロアッソ熊本 |
36 |
9 | 8 | 19 |
40 | 56 | -16 |
35 |
| 18 | レノファ山口FC |
36 |
6 | 15 | 16 |
34 | 45 | -12 |
32 |
| 19 | カターレ富山 |
36 |
7 | 10 | 19 |
28 | 48 | -20 |
31 |
| 20 | 愛媛FC |
36 |
3 | 12 | 21 |
33 | 66 | -33 |
21 |
|